实验室实行学术委员会领导下的实验室主任负责制。 学术委员会由国内外知名专家学者组成，第二届实验室学术委员会组成人员名单如下：

【顾  问】

苏纪兰    院  士    自然资源部第二海洋研究所

丁德文    院  士    自然资源部第一海洋研究所

徐   洵    院  士    自然资源部第三海洋研究所

【主  任】

唐启升    院  士    中国水产科学院黄海水产研究所

【副主任】

宋微波    院   士    中国海洋大学

戴民汉    院   士    厦门大学

张海生    研究员    自然资源部第二海洋研究所

【委  员】（按姓氏拼音排序）

陈大可    院  士     自然资源部第二海洋研究所

陈   鹰    教  授      浙江大学

陈   彬    研究员    自然资源部第三海洋研究所

蔡卫君    教  授     美国特拉华大学

郭劳动    教  授     美国威斯康星大学

关道明    研究员    国家海洋环境监测中心

黄大吉    研究员    自然资源部第四海洋研究所

孙   松    研究员    中国科学院海洋研究所

王东晓    研究员    中国科学院南海研究所

杨惠根    研究员    中国极地研究中心

周   朦    教  授     上海交通大学

【学术秘书】

刘诚刚   副研究员     自然资源部第二海洋研究所

于培松   副研究员     自然资源部第二海洋研究所